Erdélyben a pálos szerzetesrend már a XIII. században jelen volt, ezt számos emlék igazolja. VI. Kelemen pápa 1349-es rendelete nyomán - melyben engedélyezte újabb pálos kolostorok alapítását, főleg az ország azon vidékein, ahol még nincsenek rendházak – a rend felvirágzott Erdély területén is. A pálos rend iránti vonzalom alakulását tükrözi az erdélyi, a szatmári, a nagyváradi és a temesvári egyházmegye területén létrejött kolostoralapítások.

Gyulafehérváron két pálos rendház is volt a XIII. században: a Szent Erzsébet kolostor, melyet először 1309-ben említenek, és a Szent Anna kolostor. Nagyváradon szintén két kolostoruk volt a pálosoknak. Jelentősebb középkori kolostorok voltak még Szentmihálykőn, Maroscsesztvén, Marosszentkirályon, Tövisen, Homoród-szentpálon. A török hódoltság idején a legtöbb pálos kolostor tönkrement. A mohácsi vészt követő zilált politikai viszonyok között a hitújítás áramlatai egyre jobban terjedtek Magyarország területén. Tekintettel arra, hogy egyházmegyék maradtak püspök nélkül, a papság elfogyott és a szerzetesi élet is sok helyen megszűnt vagy fellazult, a reformáció terjedésével elapadt az utánpótlás. Így a pálos rend csak kevés helyen maradt meg Székelyföldön, de oázisokként őrizték a hitet, a reményt az emberekben: megnőtt a kis kápolnák, remeteségek és a búcsújárások jelentősége.

A megmaradt szerzetesek a járványok idején betegeket gondoztak, és a pap nélkül maradt népet igyekeztek szolgálni. A Bethlen Gábor, majd I. Rákóczi György fejedelemsége alatt Erdélyhez tartozó hét vármegyében a pálos szerzetesek az 1640-es évektől kezdve tevékeny és sikeres hittérítő munkát végeztek.

1688-ban IX. Kelemen pápa a magyarországi misszióval a pálosokat bízta meg, és kiváltságokat is adott nekik. A XVII. század végén a pálos rend is új kolostorok létrehozása mellett döntött és fáradozott. A XVIII. századi erdélyi pálos misszió legfontosabb alakjai Radován Özséb, Székely András és Bencsik Márton voltak. Munkájuknak köszönhetően rendházak létesültek Tövisen, Illyefalván és Tordán.
A XVIII. század volt a pálos rend második virágkora. Tövisen és környékén P. Csúzy Zsigmond hitszónok és egyházi író fejtett ki hatásos tevékenységet. Illyefalván P. Székely András és két rendtársa alapított „misszionárius rezidenciát” 1701-ben, ahol iskolát is működtettek. A rendek eltörléséig innen láttak el a pálosok Sepsiszentgyörgy lelkipásztori szolgálatát.

II. József 1786-os szerzetesrendeket feloszlató rendelete a pálosok erdélyi közösségeit is megsemmisítette. A lefoglalt kolostorok berendezéseit, a templomok felszereléseit liciten kótyavetyélték el. Ezután maradtak még ugyan pálos testvérek Erdély területén egyházmegyés szolgálatban, de a rend több mint két évszázadra eltűnt Erdélyből is.